المراحل الدراسية لمدارس أسراري الأهلية بنين:

المرحلة الابتدائية: تبدأ المرحلة الابتدائية في قسم البنين من الصف الرابع الابتدائي، بعد أن يكون الطالب قضى مرحلة الروضة والتمهيدي بقسم البنات التي تعتمد نظام المنتسوري.
المرحلة المتوسطة: يتوفر في المدرسة قسم للمرحلة المتوسطة أيضًا بنفس المبنى.
المرحلة الثانوية : تم إنشاء قسم المرحلة الثانوية بالنظام الفصلي وبنفس المبنى.